Второй сезон начинается с появления новой феи — Лейлы. Лейла — принцесса планеты Андрос, и ее сила заключается в использовании волшебного морфикса. Она должна спасти своих маленьких подруг пикси, которых держал в плену лорд Даркар. У нее есть своя феечка-пикси — Пифф. Блум, Стелла, Скай, Брендон и Лейла отправляются на помощь пикси, и их с феечками соединяют волшебные узы: Блум с Локетт, Стеллу с Амур, Музу с Тьюн, Текну с Диджит и Флору с Чаттой.

Трикс возвращаются из ссылки и присоединяются к лорду Даркару, который хочет получить волшебный кодекс, части которого спрятаны в школах магии и в поселении пикси. Блум продолжает глубоко интересоваться своей историей и своими настоящими родителями, в чем ей помогает новый преподаватель — профессор Авалон. Позднее оказалось, что первоначальный Авалон был не настоящим, а посланником Даркара. Настоящий Авалон был у него в плену.

На протяжении этого сезона все Винкс получают силу Чармикса, которая делает их сильнее. Блум дважды попадает под тёмное колдовство Даркара, вынуждающее подчиняться ему. В последней битве с Даркаром клубу Винкс удается вернуть прежнюю Блум, дав волю ее чувствам к Скаю и тем же чувствам, которые они все к ней испытывают. Блум изливает всю свою ярость на Даркара и побеждает его вместе с Трикс.
В этом сезоне Флора находит своего парня: это Гелия — племянник Саладина, — директора школы специалистов Красный Фонтан. Лейла становится одной из фей Клуба Винкс. Блум продолжает разгадывать тайны своего прошлого.